Linux 和 Windows 的文件系統有些不同，在學習使用 Linux 之前，若能夠了解這些不同，會有助于后續學習。
本文先對 Windows 和 Linux 上面文件系統原理、組織概念進行區分，并給出例子、列舉兩者的優缺點以具體說明，最后較為詳細地介紹了 Linux 系統的目錄結構。
Windows 和 Linux 文件系統下面將介紹啟動 Windows 和 Linux 后，在文件系統的角度上，它們分別是怎樣看待自己世界的。
訪問原理在 Windows 系統中， 一切東西都是存放在硬盤上的。啟動系統后，先確定硬盤，再確定硬盤上的分區以及每個分區所對應文件系統，最后是存放在某個分區特定的文件系統中的文件。 也就是說，Windows 是通過 “某個硬盤-硬盤上的某個分區-分區上的特定文件系統-特定文件系統中的文件” 這樣的順序來訪問到一個文件的。
但是與 Windows 不同, Linux 系統中的一切都是存放在唯一的 虛擬文件系統中的，這個 虛擬文件系統是樹狀的結構以一個根目錄開始。啟動系統后，先有這個 虛擬文件系統，再識別出各個硬盤， 再把某個硬盤的某個分區掛載到這個 虛擬文件系統的某個子樹上（即分區用某個子目錄來表示），再確定分區對應的子目錄文件系統，最后的文件就存放在這個特定的文件系統中。 也就是說， Linux 系統是通過 “虛擬文件系統-硬盤-硬盤上的分區-分區上的特定文件系統-特定文件系統中的文件” 這樣的順序來訪問一個文件的。
可能對習慣了使用 Windows 的用戶來說， Linux 的方式有些不適應，它的 虛擬文件系統，實質就是一顆目錄樹，最開始的目錄叫做根目錄，根目錄中又有每一級子目錄，或者文件，子目錄又有子子目錄和文件，其中每個子目錄都特定的功能這個功能（這些是約定俗成了的，在后面 常用的重要目錄 (See section 1.2.1) 中會詳細說明）。
也許有人會問，沒有這個虛擬文件系統就無法使用硬盤，可是最開始沒有硬盤，那么這個 虛擬文件系統以及相應的組織結構是怎么存放起來的呢？這個問題，就像先有雞還是先有蛋這個問題一樣看似簡單實則……但是，在 Linux 中，很輕易地跳出了這個思維循環，問題的答案并沒在 虛擬文件系統 和 硬盤 這兩者之間徘徊，而是第三者—— 內存 ，Linux 系統啟動起來之后，整個 虛擬文件系統的組織結構，都是隨著每次內核系統的啟動自動在內存中建立好了的，根本就不需要硬盤。
另外還要注意，就是在我們用戶的角度上，無論在 Windows 還是 Linux 上面，都是使用路徑來訪問一個文件的。表示文件的路徑由 “文件所在的目錄+各級目錄的分隔符+文件” 三個部分組成，這個策略在兩者之間是一樣的，所不同的是，Windows 下面目錄分隔符是 \ ， Linux 下面是 / ，也許這也是兩者之間為了表示其各自立場不同的一個原因吧？^_^
系統組織在 Windows 系統中，我們可以把文件大體分為兩種： 系統文件和用戶文件 。一般來說系統文件（例如 Windows 操作系統本身，一些系統程序，程序運行所需的庫文件，以及一些系統配置文件等）存放的默認位置在 C 盤，當然也可以在安裝時候指定在其他盤；其它用戶文件，包含用戶后來安裝的程序以及一些數據文件等，用戶可以把它們隨意存放在任意的分區。
在 Linux 系統中，主要有兩個概念： 虛擬文件系統中的文件和 Linux 操作系統內核 本身。邏輯上可以認為前者屬于上層，后者在下層，前者基于后者，后者依賴前者而存在。 Linux 把除了它本身（Linux 操作系統內核）以外的一切事物都看作是在 虛擬文件系統中的文件了。無論是鍵盤，鼠標，數據，程序，CPU，內存，網卡……無論是硬件、軟件、數據還是內存中的東西，我們都可以在 虛擬文件系統中的相應子目錄對他們進行訪問和操作，操作統一。而實現這些管理的幕后就是 Linux 操作系統內核 本身：啟動 Linux 系統的時候，首先電腦把 Linux 操作系統內核 加載到內存中，內核本身提供了文件管理，設備管理，內存管理，CPU 進程調度管理，網絡管理等功能，等內核運行起來之后，就在內存中建立起相應的 虛擬文件系統，最后就是內核利用它提供的那些功能，通過管理文件的方式，來管理 虛擬文件系統中的硬件軟件等各種資源了。
Linux 把提供操作系統本身功能（管理計算機軟硬件資源）的那些部分劃給了 Linux 操作系統內核 ，使得 Linux 操作系統內核 成為一個獨立的部分，有它自己獨立的開源代碼；而其它的一切（軟件應用，硬件驅動，數據）都根據其特性有自己的開源代碼、或者自由地組織并且存放在那個 虛擬文件系統中由 Linux 操作系統內核 來管理。這樣，將系統本身和系統所管理的資源分開，并開放源代碼，有助于對系統或者系統所管理的資源進行靈活的定制和擴展，還能按需快速建立起只適合自己使用的操作系統，也利于操作系統本身的發展。實際 Ubuntu ， Fedora ， RedHat 等各種不同的 Linux 操作系統發行版，簡單來說就是不同廠商對其文件系統和內核進行了不同的配置而產生的 “大眾化” 的操作系統。相比之下，Windows 就顯得非常地零亂復雜，將系統、軟件、硬件、數據都混在了一起，其不同版本只能由 Microsoft 一家公司發行。
舉例說明下面用直觀的例子，來說明兩者的不同，以加深理解。假設我們的機器上面有一個硬盤，硬盤分為三個區。
在 Windows 系統中， 我們啟動系統之后就會看到 C, D, E, 盤符，它們分別對應硬盤上的三個分區，增加硬盤，或者分區，會導致盤符的增加（注意由于歷史原因， A, B 用于表示軟驅，硬盤分區盤符從 C 開始按字母遞增），這里的每個分區都各自可以被格式化為不同的文件系統（這里的文件系統，包括例如 NTFS 格式， FAT32 格式等)，文件系統的基本功能就是為了存放文件的，不同文件系統區別一般在于管理其中存放的文件的功能的強弱，所以分區被格式化成指定格式的文件系統之后，就可以存放任何文件和目錄了，我們看到的 C, D, E 內容也就對應了硬盤中相應分區的數據內容。
但是，與 Windows 中把硬盤分區看成 C, D, E 盤符不同， Linux 中最開始根本就沒有硬盤的概念，就只有一個純粹的 虛擬文件系統。如果想要使用哪個硬盤的某個分區，就把那個分區 “掛載” 到某個子目錄之下，這樣硬盤中的分區，文件系統，目錄等內容就呈現到了那個子目錄里面。也就是說，在 Linux 中，我們使用硬盤中的數據，實際是先把硬盤的某個分區 “掛載” 到某個子目錄下，然后通過那個子目錄來訪問的。這個例子中， 通常硬盤會對應 虛擬文件系統中的/dev/sda（如有多個硬盤，則為 /dev/sda, /dev/sdb, ……， 按字母遞增）, 其三個分區對應 /dev/sda1, /dev/sda2,/dev/sda3（多個分區按數字遞增，不同硬盤的分區，對應為 /dev/sdb1, /dev/sdb2 等等）, 默認硬盤各個分區會被掛載到 虛擬文件系統系統中類似 /mnt/sda1/, /mnt/sda2/, /mnt/sda3/ 的目錄（在 Linux 又叫掛載點）中，在/etc/fstab 文件中，我們可以找到分區文件和掛載點的對應關系描述。這樣，硬盤相應的分區就做為整個 虛擬文件系統根目錄下的一顆子樹，反映到了子目錄（掛載點）上，子目錄中的內容就對應分區中的數據。
假設訪問上述硬盤第三個分區 dir1 目錄中的文件 test.file
Window 系統上的路徑：E:\dir1\test.file
Linux 系統上的路徑：/mnt/sda3/dir1/test.file再有，假設用戶安裝和卸載一個程序 firefox ：
Windows 系統中
指定或不指定安裝路徑類似，程序的安裝目錄會在 C:\Program Files\Firefox 類似的目錄中，或指定的安裝路徑中； 可執行文件一般在程序的安裝路徑；依賴的內部庫、第三方庫、和系統庫可能在安裝路徑中，也可能在 C:\Windows\System32, 或 C:\Windows\system 等類似的路徑；而程序訪問期間的系統和用戶配置文件和產生的輸入輸出文件，可能會在安裝路徑配置中，或者在 C:\Windows\ 下的某些文件中（比如注冊表數據庫文件、用戶目錄等），這就不一定了。而且不同的系統版本，應用程序版本下，這些目錄的具體名稱和路徑可能會有所不同。卸載的時候由于不確定哪些地方安裝了什么內容，很容易造成文件刪除補全，遺留系統垃圾等現象，造成系統越來越癱腫。
Linux 系統中
如果不指定安裝路徑，所有程序的可執行文件在 /usr/bin 中， 全局配置文件在 /etc/firefox 類似的目錄， 用戶配置文件一般在用戶主目錄的 .firefox 的路徑下 (用戶主目錄路徑名稱統一格式為 /home/) ，依賴的內部庫和第三方庫在 /usr/lib, 系統庫在 /lib 下， 數據文件一般就在用戶主目錄下。 如果指定安裝目錄，那么所有內部庫和可執行程序，全局配置文件，會在 < 安裝路徑> 下的 bin, lib, etc 子目錄下，其它文件一般和默認情況相同。卸載程序之時，只需在對應目錄中，將可執行文件、內部庫、配置文件、數據文件刪除即可，基本沒有不確定是否遺留垃圾文件的問題。這些都是大多數應用程序安裝的和訪問的默認策略，就像是不成文的業界標準，不排除有個別程序不安裝這種策略部署應用，但是 Linux 用戶帶來 “麻煩“ 的應用，早晚也會被淘汰，不可能會流行在 Linux 系統中，這樣，自然的，好的應用都保存在 Linux 系統中并逐漸流行起來，還不會破壞系統結構。
可見， Linux 文件的存放和組織明顯方式更高效，層次更分明。
優缺點基于上述內容，Windows 和 Linux 文件系統的各有優缺點分別如下。
Windows 系統優點
優點主要是用戶存放東西的位置比較自由，系統結構簡單便于新用戶上手。
Windows 系統缺點
缺點較多主要有：
目錄組織缺乏標準
由于對“系統文件”和“用戶文件”存放位置缺乏細致的規定，數據組織的方式顯得比較凌亂，并且兩種文件之間很容易相互干擾（例如數據文件可能存放在系統區域給系統帶來垃圾文件等）。
用戶的使用經驗對系統的使用效率影響很大
一般來說，我們使用 Windows 時候合理使用分區會提升的系統效率。例如根據需要設置合理的系統分區（假設為 C 分區），盡量少往 C 盤存放數據文件，根據具體情況可以將一些 “重要并且常用的” 程序安裝在 C 分區，隨時保持系統目錄的清潔和大小助于提升系統的運行速度，用戶安裝的一般軟件盡量不要安裝在 C 盤，安裝軟件時候指定的位置最好采用默認標準目錄名稱（例如 X:\Program Files 目錄，這里 X 表示盤符而不要自己定義一些奇怪名字的目錄，這樣便于軟件的維護等等。
共享不便
Windows 上有經驗的用戶們會將自己的目錄結構組織好，但是每個用戶組織自己內容的方式是不一樣的，所以他的機器上哪里存放了什么內容，別人很難知道，為共享帶來了麻煩。
Linux 系統缺點
最開始 虛擬文件系統中的每個子目錄的功能是事先規定好了的，我們需要事先知道那些目錄存放哪些文件，然后在相應的位置中創建自己的內容，這也是 Linux 系統入門門檻高的一個原因。當然，最開始的新手，也完全可以無視這一點，可以像 Windows 那樣隨意地創建目錄和文件（盡管不推薦這么做）。
實際上最開始的目錄也不多，主要就那么幾個，花不了多長時間就會明白它們的作用的，而明白這些作用之后帶來的好處，遠不止付出那么多（本文后面 常用的重要目錄 (See section 1.2.1) 會著重對此進行介紹）。
Linux 系統優點
這里只說幾個優點：
目錄結構反映系統運行機理
當我們了解了這些目錄的功能之后，我們對整個 Linux 操作系統的運行機理也會有一個大致的了解。
結構清晰避免邏輯混亂
這樣的目錄結構，有助于我們以一種高效的方式組織自己的數據，分類清晰并且不會對系統運行有任何影響，規定了最開始每個目錄的功能，并沒有限制我們的自由，因為我們知道我們可以在哪里創建自己的子目錄并且在子目錄中任意創建自己的文件。
組織規范便于共享
由于目錄具有統一的組織結構，所以 Linux 上面的用戶在共享數據的時候，能夠很容易地猜測出他所需要的數據大致存放在什么位置，同時也不會影響到私有數據的保密性，畢竟具體來說，怎么存放自己的私有數據，那是用戶自己決定的。